家族用のMac を新 Mac mini (FB463LL/A)に入れ替えたので古い intel Mac mini を Cent OS サーバーにすることにしました．以下はそのメモです．
(準備) メモリ，ハードディスクの増設
メインサーバーとして利用する場合，旧型機 (型番 138/139) は メモリ4GB, ハードディスク 640GB (2.5" 9.5mm 高, $120 )に入れ替え可能（2009年10月）．
＊最新の Mac mini (型番 463/464 相当）であれば，Mac mini EFI ファームウェアアップデート 1.2によりメモリは8GB (DDR-3 4GB x 2) に対応する．
頻繁なディスクアクセスを行う場合，SSD (Solid State Drive)に入れ替えると良い．また，増設メモリが十分であれば，そこに ramdisk を作成する（電源が切れるとデータは失われるので注意）ことにより，ファイル処理速度が劇的に向上する．
(1) Cent OS DVD 版を用意（1枚で済みディスク取り出し不要）
特に理由が無い限り 64bit 版が良い．
（大きな計算は 32bit 版のほぼ２倍の処理速度になる）
DVD の iso イメージを作成しているところは限られる
参考:
http://pc-os.seesaa.net/article/38943394.html iso イメージダウンロード後，ディスクユーティリティでインストールディスク作成
(2) 内蔵ハードディスクの設定
キーボード「C」を押しながら付属 Mac OS X を起動
主に日本語を使用するを選択
トップメニュー ユーティティ ディスクユーテリティを選択
インストールするディスクを選択 => パーティッションを選択
ボリュームの方式: 2パーティション（パーティションが2つに分かれる）
画面下の「オプション」=>「マスター・ブート・レコード」
一番上のパーティションを選択:
フォーマット:MS-DOSファイルシステム，サイズ:0.1GB
2番目のパーティションを選択:
フォーマット: UNIXファイルシステム
パーティションを作成
ディスクユーティティーを終了
再起動
(3) DVDディスクの排出
マウスの左ボタン（２ボタン，３ボタンの場合）を押しながら電源を入れDVDドライブを排出する
（Mac 以外のキーボードを利用している場合）
(4) Cent OS のインストール
Cent OS 5.3 の DVDディスクを入れるとCent OS 5.3 のインストールが始まる
Linux text でテキストモードでインストールする (intel GMA 950 の場合）
パーティッションは自由に作成して良い
（Mac OS のディスクユーティリティで作成したものは削除して良い）
(5) インストール後
Wireless LAN は認識されていない．ソフトウエアをアップデートすると Wireless LAN が利用可能になる．
（参考）ベンチマーク
以下に Mac mini （型番 138/139 相当, Core2Duo 1.83GHz)で数値モデルを走らせた結果を他のマシンの結果と共に示します．
周波数を反映していますが，低消費電力（軽いjob で 20W程度, bus power USBディスクデータコピーで最大40W程度）であることを考えると重い計算をしない限り使えそうです．パソコン名（CPU名）の後ろは並列計算で用いたプロセッサ数（ノード数）です．
最新の i5 になるとかなり良いです．時期モデルでは低消費電力版 i5/i7 相当CPUを搭載した Mac mini が出ると良いですね．
参考記事:
mac mini (intel) に CentOS を入れてみましたCentOS 5.0 のダウンロード〜DVD ISO イメージを配布しているミラーサイト
